衣源体感染时怀孕可以继续妊娠，但是应该给予积极的治疗。一般如果是孕早期出现衣原体感染，可以根据孕周的大小以及胚胎发育的情况，酌情判断是否继续妊娠。因为衣原体感染，有时会影响到受精卵的发育，可能造成胚胎发育异常，可能出现胎儿发育的受限、迟缓。一般尤其是孕晚期孕妇出现衣原体的感染，胎儿在在分娩的过程中可能也会感染衣原体，造成新生儿的肺炎等继发感染。因此发现孕期出现衣原体感染时可以继续妊娠，但要积极给予治疗。