微生物学已确诊肺炎支原体阳性肺炎患者，一线治疗首选大环内酯类药物，如阿奇霉素等或使用针对呼吸系统感染的喹诺酮类药物。对于患者呼吸道外的症状，其诊断及治疗方法需通过临床表现、受累部位、是否具有抗生素耐药性及是否伴随呼吸道感染决定，但以抗生素治疗为主。 此外，肺炎支原体阳性患者的部分非呼吸道表现由免疫介导，患者可使用糖皮质激素或静脉注射免疫球蛋白等进行辅助性治疗。