子宫内膜薄有多种原因，具体如下：1、功能异常：如果是下丘脑、垂体、卵巢功能异常，导致子宫内膜增生比较差，会导致子宫内膜变薄；2、子宫内膜基底层遭到破坏：宫腔操作、反复人流，或器质性疾病如结核等，会导致子宫内膜变薄，主要是由于子宫内膜基底层遭到破坏不能再生，无论使用药物还是等待，都不能使子宫内膜变厚；3、宫腔粘连：宫腔粘连时粘连部分基底膜已经遭受破坏，即便分离粘连，宫腔没有再发生粘连，此处子宫内膜也不能变厚。因此一旦出现子宫内膜变薄，要了解子宫腔有没有器质性病变、有没有多次宫腔操作病史，同时还要了解下丘脑、垂体以及卵巢的功能情况。