绝大多数的药物流产不会影响下次的怀孕，如果单纯的药物流产，服药以后胎囊组织快速的完全的排除，产后恢复良好，通常不会对下次妊娠有负面的影响。但是如果出现感染、不全流产需要清宫等，通常会导致或增加子宫内膜损伤的机会。由于子宫内膜的损伤，特别是损伤到子宫内膜的基底层，而使子宫内膜失去正常的解剖形态与生理功能，使月经稀发或闭经，受精卵不能有较好的生长发育与着床的宫腔环境，一定会影响下次的妊娠。由于感染导致的盆腔的炎症，引发输卵管的炎症，导致输卵管的功能减弱或输卵管的梗阻不通，会导致生育能力的下降、不孕或宫外孕的发生概率。