脑蛋白即脑蛋白水解物，其副作用主要是蛋白引起的相关免疫反应或过敏反应，会出现发热、寒战、过敏的症状，如皮疹或全身性斑丘疹、荨麻疹等。对肝肾功能不全的患者，会加重肝肾功能的负担，所以脑蛋白还有可能引起肝肾功能异常，部分癫痫疾病的患者也会造成大脑兴奋性改变而诱发癫痫发作，所以患有癫痫病或肝肾功能不全的患者要注意脑蛋白的使用，容易诱发不良反应。孕妇也有可能诱发相应的不良反应，所以尽可能不要使用脑蛋白水解物，因为脑蛋白水解物主要成分为蛋白，容易出现过敏反应，还有可能会加重肝肾功能的负担而加重症状。当然一般脑蛋白水解物副作用相对较小，没有明显的异常反应或毒副作用，所以相对安全。