显微根尖手术的适应症比较广泛，在常规根管治疗失败的情况下，即常规根管治疗做完以后，根尖周仍然出现了根尖周组织病变不愈或感染更加扩散。在这种情况下都可以做根尖周手术，另一种情况下，已经做过根管治疗的牙齿，如果患者不想再重新做一次治疗，因为有时候重新再做治疗的情况下，也不见得能够更好的控制这种感染，都会采取显微根尖手术的方法来清除感染。因为根尖周手术相对治疗的次数要比根管再治疗的治疗次数少，而且根尖周手术能够更有效地清除根尖周感染，所以目前在治疗根尖周再次感染或迁延不愈的根尖周疾病的情况下，微创根尖周手术能够起到比较好的效果。