胃肠镜检查消化道内的疾病，如胃镜检查咽部疾病或食管、肠胃、十二指肠疾病，大肠镜检查大肠，小肠镜检查小肠。胃肠镜主要检查炎症性疾病、肿瘤性疾病、结构异常、先天性缺陷或异于常人的地方。 消化道有不良表现的病人，经医生判断均可进行检查，甚至其它系统疾病与消化道疾病鉴别时也可胃镜检查。胃肠镜不仅是检查，还可做出血、止血治疗、摘除胃肠息肉、进行胃肠肿瘤活检，甚至早期肿瘤也可在内镜下处理。若肠道肿瘤堵塞可通过胃镜放置支架，便于进行外科手术。