儿童骨肿瘤的病因多种多样，主要原因包括内因和外因。 内因为儿童本身的基因背景，如部分儿童骨肿瘤具有遗传性，由患者父辈基因的遗传导致。另外部分肿瘤是内因和外因相互作用的结果，如有些儿童的基因本身存在一定不足，如果再遇上污染、放射性的东西等导致的基因改变的外因后就会导致肿瘤的发生。 总的来讲，目前儿童骨肿瘤病因尚未完全明确，但基本与其它肿瘤相似，均为基因改变所致。和成人肿瘤不同的是，儿童肿瘤的一般基因学改变相对简单单一，其治疗也和基因的改变有所关联。