婴儿反复发烧原因较多，常见原因如下：一、感染性疾病：1、泌尿系统感染：还用到抗生素的康复疗程，会引起反复发烧，或者选择的药物对细菌不敏感，也会引起反复发烧；2、化脓性扁桃体炎：治疗时间不足，脓肿尚未消散，细菌仍在繁殖，也会引起反复发烧，因为感染没有得到控制。二、非感染性因素：1、川崎病：婴儿时期是川崎病的高发期，如果按照感染性疾病给予抗生素等治疗，则不会被治愈，因为属于血管炎疾病，需要给予丙种球蛋白、免疫球蛋白、阿司匹林等进行抗炎治疗，才能治疗反复发烧；2、幼年型类风湿性关节炎：属于自身免疫性疾病，需要肾脏皮质激素，或者生物制剂才能控制反复发烧；3、其他疾病：如白血病、淋巴瘤等血液、肿瘤疾病，由于肿瘤破坏，细胞坏死、增生后，也会引起反复发烧。