婴儿真菌感染时，用药情况与真菌种类及感染部位密切相关。通常婴儿感染的真菌可分为念珠菌、曲霉菌、隐球菌等，感染部位又可分为口腔黏膜、肺部、颅内的真菌感染。婴儿最常见的真菌感染为口腔黏膜感染，通常属于念珠菌感染，因为浅层部位感染以念珠菌感染多见。这时建议将制霉菌素和甘油混在一起涂局部口腔，通常经过3-4天感染就可明显好转。此外还有深部感染，如婴儿肺部真菌感染，这时需要静脉输液用药，如氟康唑、伏立康唑以及卡泊芬净等。