根尖囊肿手术后出现疼痛等轻微不适，通常是正常情况，随着时间会慢慢减轻。如果根尖囊肿术后疼痛明显，尤其是术后过了3-4天，感觉术区胀痛，甚至出现黄色分泌物，需考虑术区有积液，并且积液出现感染。这种情况可能要局部打麻药，进行清创、冲洗，去除感染组织。必要时填塞碘仿纱条，配合口服消炎药，控制炎症。如果囊腔较大，在打麻药清创后，可以教会患者每天进行局部的冲洗，早、中、晚共3次，直到囊腔逐步长好。只要囊腔保持通畅里的积液能够流出，通常炎症控制较好，则不会有明显疼痛。