长期吃抗甲亢的药物，对身体主要有以下副作用：1、肝功能损害：甲亢的药物分为两大类，代表分别是甲巯咪唑和丙硫氧嘧啶。甲巯咪唑所导致肝功能损害，一般是以胆汁淤积为主要常见的肝功能损伤。而丙硫氧嘧啶，一般会导致肝功能的破坏性损害，尤其是安卡相关的小血管炎性免疫性损害，其后果一般会比较的严重，甚至会出现肝衰竭的状况；2、血细胞损害：患者长期吃甲亢的药物，可以损害到血细胞，会导致白细胞、中性粒细胞的下降。此情况下，要求患者在吃甲亢的药物时，就要进行提前的预防。由于一旦出现比较严重的白细胞下降，甚至发生粒细胞缺乏的状况，对于人体是较为严重的打击，随时都可能会遭受感染菌、细菌，或者是病原菌的入侵，而身体又毫无抵抗力，会导致较为严重的败血症，以及其他危及生命状况存在；3、皮肤的损害：比如过敏性皮疹反复的发生，难以治愈。如果较为严重，需要停止抗甲亢药物治疗，寻找其他方法进行抗甲亢治疗。