怀孕90天可以流产，建议住院药物流产。怀孕90天，这时候相当于已经怀孕13周左右的时间，也基本上已经进入中期妊娠的范畴。这时候不建议做手术的终止妊娠。手术终止妊娠又叫做钳刮术，现在已经做得非常少，因为钳刮术，对母亲的子宫损伤比较大，手术当中出血宫颈裂伤的风险增加，也容易在手术过后出现胎骨还有排污残留，导致二次的清宫，手术过后宫腔粘连的风险，还有盆腔感染风险就会增加。因此不建议这么大孕周手术终止妊娠，而建议住院考虑药物流产。药物流产一般考虑选择米非司酮配合米索前列醇，用药需要3天左右时间，药流之后需要看胎盘胎膜排出的是否完整，必要时需要复查B超，如果有胎盘的残留或者B超有残留，这时候可能需要清宫术。清宫术手术的风险也要比直接的钳刮术风险要小很多，所以怀孕90天可以住院药物流产。