宝宝半夜发烧39℃，可以根据实际情况进行不同的处理，具体如下：1、症状较轻：这时可以在家中进行降温处理后观察，根据体温变化决定是否到医院就诊，如果一般状态比较好，睡眠相对比较安稳，没有明显的咳喘、呕吐、腹泻或者哭闹等现象，可以先在家中进行降温处理，可以适当服用退热药物，例如可以根据年龄和体重使用乙酰氨基酚或者布洛芬，也可以进行物理降温，例如用温水擦拭身体，少盖被子，通风、散热，必要时可以使用冰贴、退热贴等，对发热会有缓解的作用。如果发热没有缓解，可以到门诊就诊；2、症状较重：如果半夜出现发烧39℃，伴有明显的精神状态不好，哭闹、咳喘、呼吸困难或者伴有恶心、呕吐，出现明显的嗜睡，叫不醒的情况，无论是半夜还是其它时间，在降温的同时要马上到医院的急诊科进行诊断，明确病因及时进行处理，避免出现严重的并发症。