男性小肚子疼，常见原因有胃肠道功能紊乱、肠道病变、泌尿系疾病等，具体如下：1、胃肠道功能紊乱：小腹痛呈间断性，有时伴有大便性状的改变，口服益生菌和降低肠道的应激、痉挛的药物，可以缓解；2、肠道病变：经以上治疗不能缓解，应要考虑其他的病变，比如脏器的病变，最常见的是下腹疼痛，考虑为小肠的肿瘤、憩室、血管的畸形，以及左半结肠、乙状结肠、直肠的炎症、肿瘤、癌症，均可引起小腹疼痛。尤其是溃疡性结肠炎表现为慢性脓血便和小腹疼痛；3、泌尿系疾病：输尿管结石、膀胱炎症、膀胱肿瘤、前列腺炎症、精囊腺炎症、前列腺肿瘤等，均可引起男性的小腹疼痛。