核磁共振可以检查出部分头晕，如中枢神经系统病变，包括小脑、脑干导致的梗塞、出血，或者脱髓鞘疾病，以及感染性疾病，如脓肿等，上述疾病都会导致头部眩晕。这些疾病使用脑磁共振检查，有助于发现小脑、脑干的后颅窝结构病变，可以检查出头晕的部分原因。但头晕还有其它情况，如外周病变所致，包括良性阵发性位置性眩晕，由于半规管中耳石脱落引起。这一类眩晕在脑磁共振的影像学上面，不会有异常改变，可以通过手法复位来治愈。前庭神经元炎也可以引起剧烈眩晕，同样属于外周病变。