小儿四磨汤是比较温和的中药复合制剂，对孩子基本上没有特别明显的副作用，但要严格把握小儿四磨汤的应用症。孩子身体健康不建议用小儿四磨汤，如果健康孩子服用，可能导致菌群失调、胃肠功能紊乱，一定要在医生指导下用药，不能盲目应用。冬季用药不能从冰箱拿出来直接饮用，需要在温水中温5-8分钟，达到室温后再服用，而且要注意过期后不能服用。小儿四磨汤不能长期服用，如果服用超过三天临床症状未见明显缓解，或者症状加重，就证明小儿四磨汤对孩子现有症状不对症，需要立即停用并到医院就诊，明确出现症状的原因，从而针对性选择用药。