卵巢囊肿月经不来，如果停经首先要到医院检查是不是怀孕了。因为在生育年龄的妇女，一旦停经以后，最先要做的事情就是除外怀孕，因为停经怀孕的几率比较大。其次的原因就是内分泌失调，如果停经的时间不长，可以暂时先观察，比如只是停经36-37天或者40天左右，如果检查不是怀孕，不急于进行处理，先观察。如果观察到2个月反复检查，确实除外怀孕，这个时候需要给病人用药，常规情况是使用黄体酮，通过口服或者肌注都可以。用药以后，在停药3-7天的时候一般会来月经，这是一个常规的处理方法。来月经以后的处理，如果只是这一次停经，可以不用做处理，观察即可。如果总是月经延迟，可以调整月经周期，卵巢囊肿对月经一般没有什么影响，卵巢囊肿要单独进行处理。