服用米索前列醇后的疼痛程度，约为平常痛经的2-3倍，但是远不及人工流产的疼痛程度。人工流产的疼痛约为服用米索前列醇的几倍，甚至十几倍，所以药流相对痛苦较小。药流指征为停经≤49天，若超过此范围，孕囊过大，药流的失败率将会较高，需要行人工流产。药流后第1天需服用服用米非司酮，米非司酮为孕激素拮抗剂，可使胚胎松动。第3天时服用米索前列醇，可诱发宫缩，将松动的孕囊排出体外。一般服用米索后15-20分钟便出现宫缩、腹痛，宫缩持续几个小时后可见孕囊排出。