儿童咽喉部长有疱疹，往往提示是患有疱疹性咽峡炎，或者是手足口病，对于疱疹性咽峡炎和手足口病的治疗，分为以下几点：1、对症治疗：这种儿童往往会合并有高热，在高热时要给儿童应用退烧药来进行治疗，可以选择对乙酰氨基酚和布洛芬口服，大约0.5-1小时起效，1-2小时会出现明显的体温下降。但是退热药只是对症治疗的办法，儿童因为病因没有解除，往往还会出现反复发热；2、病因治疗：引起手足口病和疱疹性咽峡炎的，是一种病毒感染，以肠道病毒最多见，尤其是柯萨奇A组病毒等。针对柯萨奇A组病毒，目前没有特别有效的抗病毒药物，可以试用利巴韦林喷雾剂、干扰素喷雾剂等，有可能起到一定的效果，这是抗病毒治疗；3、并发症治疗：如果是手足口病严重性，往往会合并有呼吸衰竭、循环衰竭，以及脑水肿等情况。要针对这些并发症来进行治疗，比如改善心衰、呼吸机辅助通气，降低颅内压等。甚至应用丙球冲击等情况来进行治疗，这时往往需要住院密切观察。