药物流产和人工流产主要的区别是终止妊娠的方法不同。药物流产是口服米非司酮加上米索前列醇，从而使胚物排出来的方法；人工流产是利用负压电吸宫的原理将胚物吸出来。它们各自有各自的优缺点，药物流产的优点是没有宫腔的操作，避免了器械造成的子宫损伤，而人工流产的优点是短、平、快，做完手术了，病人休息一段时间就恢复了，它的缺点是可能会造成子宫的损伤。另外，它们的适应症也不同，比如病人有内分泌疾病，如甲状腺疾病、糖尿病、肾上腺疾病，有些病人有心血管的疾病、高血压、低血压，另外还有青光眼、哮喘、癫痫，这些情况下都不能用药物流产，她们可以通过人工流产的方式来终止妊娠。另外，比如不能够遵医嘱定期到医院随访的患者，做药物流产也是不合适的。而人工流产去医院做完以后几分钟就能解决终止妊娠的问题，所以它们各有利弊的。