半夜手指关节痛的原因如下：1、关节炎症：手指容易受到劳累，或者损伤，出现无菌性炎症困扰，常见的有肌腱炎、腱鞘炎，也有滑膜炎症，如退行性滑膜炎，或者特异性的类风湿痛风性滑膜炎，也有比较严重的会出现骨关节炎、骨关节破坏的情况，这些无菌性炎症一方面会出现一种病灶，释放炎症因子；2、疼痛敏感度下降：另一方面，这些炎症的物质会导致一定关节和韧带肌腱的粘连出现僵硬，睡着以后，人通常对疼痛的敏感度会下降，有些局部疼痛的病灶会被诱发，而出现半夜里手指关节疼痛的情况。通常与无菌性炎症的发作，以及组织黏液的分泌和组织僵硬有关。