扁桃体隐窝清洗通常是在隐窝内有分泌物，分泌物是因为慢性扁桃体炎而导致，或急性扁桃体炎有时也会导致。清洗一般最简单办法是可以通过加强漱口，如用生理盐水或用复方氯己定来进行漱口，整体改善口腔、咽腔环境，可以顺带着清除隐窝分泌物。 如果分泌物局限存留在扁桃体隐窝内不容易出来，并且产生异物感，或不适感，可以找医生单独用吸引器来进行对于存留分泌物的隐窝来进行吸引清除，或用冲洗器来冲洗清除。但一般通过漱口或通过控制感染，扁桃体隐窝的分泌物一般都会及时清除掉，而不需要特别针对扁桃体隐窝分泌物而单独来清除隐窝。虽然少数时候可以找医生清理，但一般不需要。