心肌炎的后遗症包括部分患者出现心律持续失常，或心脏的扩大并伴有进行性的呼吸困难；重症心肌炎患者出现进行性心功能不全且逐年加重，多在数年或数十年后死于心肌炎的各种合并症。也有部分患者经过治疗症状趋于稳定，但在检查过程中可发现心律失常但量没有逐渐递增，或出现心脏扩大但是无明显进行性加重及心功能无进行性下降，多年持续在同一水平之内。