膀胱肿瘤术后并发症与手术方式、个人体质有关。内镜局部切除术常见并发症为术后感染、伤口出血、血尿、发热以及肿瘤转移。根治性手术并发症出现的几率、种类相对较多，如回肠或乙状结肠替代新膀胱，常见并发症为吻合口瘘、肠瘘。新膀胱和尿道吻合口区域狭窄，可出现排尿不畅、排尿细等情况。输尿管和新膀胱种植区域狭窄、闭锁，可出现肾脏积水，输尿管扩张、感染等情况。伤口感染、术后伤口出血、营养不良、坠积性肺炎或下肢静脉血栓，均为一般手术可出现的并发症。