巧克力囊肿并不一定都需要手术治疗，需根据临床具体情况决定，具体如下：1、需要手术治疗：若囊肿直径＞4公分，此时建议做手术治疗。因为随着囊肿增大、内部压力逐渐增高，有可能会导致囊肿破裂。另外，随着囊肿增大、重量增加可能引起囊肿蒂扭转，进而造成急性下腹部疼痛；2、暂时不需要手术治疗：若囊肿直径＜3公分，此时可选择保守治疗。比如应用一些药物进行相应治疗，常用的药物有唯散宁(地诺孕素片)、醋酸曲普瑞林注射液，上述药物都能达到很好的治疗效果。此外，建议在治疗过程中定期做B超检查了解囊肿的大小、周围是否发生相应变化，然后再决定是否继续保守治疗。