巨指症的治疗目前仍是先天畸形治疗的难点和困难范围，因为巨指症是过度生长，并随着年龄增大而不停生长，甚至把生长过速的皮肤和脂肪切除，仍然会生长。因此巨指症的治疗是一个难点，其次针对不同类型和不同年龄段，也有不同治疗。具体如下： 1、生长期：早期的巨指症，因为手指和脚趾还在生长期，在不能延缓生长的情况下可以做减容术，将皮肤、脂肪、神经做部分切除或软组织减容。当骨发育到一定程度，巨指生长已经达到正常的骨长度时，可以做骨骺阻滞，将骨垢部分切除，可以使骨头生长变缓、侧偏的畸形得以矫正；2、停止期：如果已经成人，骨发育已经停止，如果影响穿鞋和美观，可以做截指术，截到所需的手指长度。巨指症的治疗在长度上面的改变比较容易，可以做截指来适应穿鞋和手的外形，但是对宽度的处理比较困难。此外，巨指症想保留正常外形也比较难，因为截指以后会导致指甲缺失。对于巨指症如何保持更好的外形和更好的宽度，也做了改进，目前有所进展，已经取得相对较好的效果。