肛窦炎可以自愈。在肛门2cm处有一个齿状线，齿状线是直肠和肛管的分界线，齿状线上面是肛窦，为浅窝，大便时大便会通过肛窦排到肛管上，最后排出体外。如果肛窦里面残存了大便残渣，时间久了有可能引起细菌感染，导致肛窦炎，出现肛门疼痛或者其他症状。肛窦炎发生以后，如果大便维持比较好、大便比较通畅，残存在肛窦里面的残渣排到体外，肛窦炎有可能慢慢好转。如果肛窦炎较长时间不好，食物残渣或细菌逐渐引起感染，感染越来越严重，可能会穿破肠黏膜，穿破肠黏膜以后会到达皮下组织，引起肛门脓肿，肛门脓肿多半是肛窦炎所引起，有可能引起肛瘘。所以，肛窦炎可以自愈，如果没有得到治疗或没有自愈，可能会发展为肛门脓肿或肛瘘等严重情况。