雌激素水平低会导致月经不调，雌激素水平低一定程度上提示卵巢功能低下或卵巢功能出现早衰，亦会引起月经出现紊乱、月经不调。雌激素低主要是由于卵巢的储备卵泡耗竭，使卵巢没有周期性的激素分泌变化，导致雌激素和孕激素水平偏低。低水平的雌、孕激素会使子宫萎缩、外阴萎缩，出现月经周期变化，因此雌激素水平低会导致月经不调。女性由于卵巢功能低下而导致雌激素水平下降，稳定维系生殖系统的功能会出现退化，出现盆腔内生殖器官及附近的泌尿系统和直肠出现下移。女性腹部亦可出现松弛、膨胀，严重时会导致盆底功能障碍、子宫脱垂等现象。此阶段由于雌激素水平下降会使子宫内膜出现萎缩，而出现闭经等情况。因此女性的月经周期受内分泌环境影响，亦与雌、孕激素的周期性变化密切相关。