因为结肠镜可以观察到包括直肠、乙状结肠、降结肠、横结肠、升结肠、盲肠甚至回肠末端的肠黏膜的情况，因此它可以用于诊断结直肠的炎症、良恶性的肿瘤、结直肠的息肉、憩室等疾病。它的适用症还包括有腹痛、腹泻、便秘、便血等可疑的结直肠疾病和炎性肠病。钡剂灌肠如果发现了病变而不能定性和定位，也适合做结肠镜的检查。回盲部的病变需要做到回肠末端的活检，也需要做结肠镜的检查。由于结肠肿瘤的发病率日益增高，结肠镜的检查也显得越来越重要，越来越多的可以作为单位常规体检的项目之一。需要提醒的是，结肠镜前要进行禁食并进行肠道准备，最常用的排泄肠道药物即聚乙二醇电解质散。