川崎病为全身血管炎症，可以损伤全身各部位的血管，如大脑、肝脏、心脏、肾脏，最主要损害部位为心脏冠状动脉，为影响川崎病远期预后的关键。经过治疗后川崎病大多预后良好，一般不会发生后遗症。使用大剂量丙种球蛋白后，仍有5%的患儿可发生暂时性冠状动脉病变，可能出现川崎病后遗症，约70%冠状动脉扩张可自行恢复，约1%会发生永久性冠状动脉病变。 永久性冠状动脉病变如巨大的冠状动脉瘤，常发生狭窄，需要采取心脏介入或外科手术治疗，只有及早开胸堵塞血管，才能有效止血，手术风险极高。一旦确诊川崎病，应极早期规范治疗，一般不会留有后遗症。