电子肠镜检查具有一定痛苦，但基本可以耐受。电子肠镜分为十二指肠镜、小肠镜、结肠镜、直肠镜，目前电子肠镜纤维内镜应用较少。肠镜检查通过打气促使肠管扩张，保证视野，肠管对张力刺激明显，因此可出现疼痛感。医生检查完后排气，疼痛可较快缓解，患者可以忍受，无其他异常感觉。若十分惧怕疼痛，可进行无痛检查，全麻后病人无任何痛苦。但无痛肠镜也存在不良后果，因为病人完全入睡导致缺少疼痛刺激，若医生操作幅度过大，可引起肠道穿孔。因此，优先选择普通肠镜，难以忍受时再选择无痛肠镜。