咽喉发痒、咳嗽可以由多种病因引起，常见原因如下：1、呼吸系统疾病：如咳嗽变异性哮喘，是一种特殊类型哮喘，在夜间多发，与外界因素的刺激相关。在受到刺激后，患者会出现咽痒、咳嗽表现，并且在白天、夜间均可发作。此外，嗜酸性粒细胞性支气管炎、变异性咳嗽均可导致患者出现咽痒、咳嗽表现。咳嗽呈阵发性发作，可以由于诱发因素所诱发；2、消化系统疾病：如胃食管反流病，患者胃内容物等酸性物质反流到咽部，刺激咽部而发生咽炎、咳嗽等症状。常伴有反酸、打嗝、烧心等伴随症状，也可发生无症状反流，患者仅有咽痒、咳嗽表现。