紧急避孕药有较多副作用，包括影响排卵、损伤卵巢、破坏内分泌功能。故口服紧急避孕药后，会产生不同程度的月经不调、内分泌失调、异常子宫出血。口服紧急避孕药的副作用具有个人差异性，建议事先避孕，减少服用紧急避孕药。紧急避孕药的避孕成功率并不是100%，亦有失败的小概率事件发生。口服紧急避孕药的目的是避孕，在同房后的72小时内服用高效孕酮类的孕激素，可直接影响排卵和宫颈黏液，影响精子从宫颈进入子宫的过程。若紧急避孕药不影响排卵，不能成功避孕，则没有必要服用紧急避孕药。