儿童病毒性脑炎后遗症主要与患儿病毒性脑炎感染的部位及影响的脑组织结构有关。普通儿童病毒性脑炎主要影响额叶、颞叶、海马及岛叶等脑组织，治疗及时基本上不遗留后遗症，治疗不及时影响额叶可出现精神行为异常。如影响岛叶可出现自主神经功能障碍，甚至岛叶癫痫发作，出现反复无明显诱因呕吐、心慌、心悸、胸闷等症状。影响海马结构可出现记忆力下降、继发性海马硬化或出现癫痫易感。影响到颞叶可出现失语。如出现病毒感染继发自身免疫性脑炎可出现继发性癫痫、呼吸节律紊乱、肌张力障碍、手抖、脚抖、精神行为异常等症状。