核酸检测鼻子和喉咙最重要的区别是取材位置不同，分别是在鼻部深处和咽部。而检测方法的痛苦程度也不相同，咽拭子取样的不适感较少，鼻拭子取样不适感相对较多。因为鼻拭子取样需要用长棉签穿过受试者鼻部到达鼻后壁，相当于到咽部上方进行取样。棉签通过鼻腔时会对鼻腔黏膜造成摩擦或挤压，从而会引起酸胀或疼痛感，尤其是鼻结构异常的受试者，比如鼻中隔偏曲、鼻甲肥大，可能在取样过程中通过困难，造成疼痛，必要时需要换到另一侧进行检测。虽然咽拭子和鼻拭子的检测方法相同，但是据统计，鼻拭子的阳性率大于咽拭子阳性率。