胃间质瘤患者预后相对较好，尤其最近20年靶向治疗的引入，使胃间质瘤的治疗效果得到根本性改变，胃间质瘤对放疗、化疗不敏感，治疗通常以手术为主，不能根治性手术者，通过靶向治疗同样可以得到较好预后，较长的生存时间。但靶向治疗与基因类型存在密切关系，80%左右基因突变类型治疗有效，少部分患者基因突变类型对靶向治疗药物耐药，尤其部分野生型患者对靶向治疗效果较差甚至无效，预后相对较差。