专性细胞内寄生的微生物，包括以下几个方面：1、病毒：属于非细胞生命形态，由核酸长链与蛋白质外壳构成，复制、转入和翻译功能均在宿主细胞中进行；2、衣原体：属于能通过细菌利器在细胞内寄生，具有独特发育周期的原核细胞型微生物，体积比细菌小但比病毒大，为专性细胞内寄生近似细菌与病毒的病原体。临床上常见致病性衣原体，包括肺炎衣原体，被认为是肺炎、支气管炎及其他呼吸道感染的常见病因。鹦鹉热衣原体可引起鹦鹉热，属于人类吸入受鸟类排泄物感染的干燥尘埃引起的感染，发病时常伴有高热、头疼、肌肉疼、寒战以及上下呼吸道不适，部分患者可并发脑炎、心肌炎或血栓性静脉炎等。还有沙眼衣原体，除能引起沙眼外，还属于性传播疾病的主要传染源；3、立克次体：属于专性寄生于真核细胞内，介于细菌与病毒之间，而更接近于细菌的原核生物。主要寄生和在节肢动物体内，有时会通过跳蚤、蜱虫、螨虫等传入人体，引起斑疹伤寒、恙虫病、Q热等疾病。