四价疫苗可预防HPV四种病毒亚型，九价疫苗可预防HPV6、HPV11、HPV16、HPV18等九种基因型的病毒。九价疫苗是目前防护效果最全面的HPV疫苗，四价疫苗和九价疫苗接种的时间相同，都是接种三针，都是在0，2，6的时间接种。 但是预防的亚型不同，四价包含的亚型是HPV6、HPV11、HPV16、HPV18，九价包含的亚型是HPV6、HPV11、HPV16、HPV18，另外还包含HPV31、HPV33等。并且适合接种的年龄不同，中国大陆四价HPV疫苗适合的年龄是20-45岁，九价HPV疫苗适合的年龄是16-26岁。而保护效果也并不相同，打四价疫苗可预防70%的宫颈癌，打九价疫苗可预防90%的宫颈癌，还可预防85%的阴道癌以及50%的低级别宫颈癌病变和95%的肛门癌。