男性在射精时尿道疼痛不一定存在炎症，但炎症属于较常见的原因。由于存在炎症时，患者局部感觉可能处于较敏感的状态，局部黏膜可能会发生破坏而导致神经裸露。此时患者会丧失正常感觉，出现敏感、异常或痛觉放大的情况。但有时射精时尿道疼痛，可能仅属于神经性放射痛、局部神经性或肌肉痉挛性疼痛。在射精时，男性的尿道、射精管及前列腺周围的肌肉均处于较为敏感、兴奋的状态，若此时肌肉发生痉挛性改变，也会导致男性的尿道或尿道周围出现痉挛性疼痛。