先天性心脏病是由于胎儿发育过程中，发育结构出现异常导致的。多数先天性心脏病类型并无明显遗传倾向，少数类型可能出现遗传，如肥厚型梗阻性心肌病。先天性心脏病发病原因目前尚未完全清楚，可能与某些妊娠期因素有关。如临床研究表明，孕妇妊娠过程中，若患有风疹，风疹病毒可能导致先天性心脏病；妊娠期服用某些特殊药物，也可能诱发先天性心脏病。