随着生物医学工程的发展及人们对体外循环的认识，体外循环的并发症已经大幅度减少，但还是不能完全避免。体外循环的并发症主要有以下几个方面：第一个并发症是出血，体外循环手术在全身抗凝的情况下进行，手术的操作切口较多，对血液系统的影响很大。术后患者出现出血的并发症，首先要排除外科止血不彻底引起的出血，同时要监测抗凝的一些指标，判断对抗凝的药物、肝素的中和是否足够，是否需要补充。另外，由于体外循环整个过程对凝血因子、血小板的破坏和消耗，使得血液的凝血系统有一定的变化，需要补充血小板及凝血因子。体外循环的第二个并发症是神经系统的并发症，神经系统的并发症比较常见，也可能会比较严重，主要是由于体外循环过程中可能会出现的一些微小的气栓，还有动脉斑块的脱落以及可能是意外造成的气体栓塞，轻则造成清醒的延迟或记忆力的部分丧失，重则可能导致昏迷。因此，在整个体外循环手术中需注意做好脑保护，尽量避免意外的发生。