大部分灰质异位，仅为一个小结节，或是条索状灰质异位带。故灰质异位癫痫手术并不认为是大手术，但由于灰质异位在室管膜下等部位时，位置较深，较难定位或搜索到结节，准确度与精确度要求较高，如果稍有误差，则可能造成不良影响。病灶较大的癫痫，则较为安全。但目前已有精准立体定向手术，及微创手术，能更准确、更精确地使灰质异位癫痫手术得到开展。