经过大样本分析和研究，目前认为第一代出生的试管婴儿，一般和自然受孕的婴儿没有区别。但是做卵胞浆内单精子显微注射（ICSI）的试管婴儿，即第二代试管婴儿，产生的出生缺陷可能是增加的。导致第二代试管婴儿出生缺陷的原因多种多样，首先是因为做试管婴儿，需要用到一个个体化超促排卵的方案，超促排卵的方案会产生超生理剂量的雌激素。试管婴儿受孕成功后，需要用到比较大剂量的雌孕激素的进行保胎治疗，超生理剂量的雌孕激素治疗是否会对婴儿会不会产生影响，存在一定的疑问；试管婴儿在体外培养胚胎，需要考虑培养液和体内的环境是否有区别，也是需要考虑的；不孕不育夫妇自身的一些生活方式、代谢特点，以及一些代谢性疾病，像胰岛素抵抗、糖尿病的前期状态，也有可能会增加子代的出生缺陷。所以到目前为止，各个研究没有很好的证据，来分析出生缺陷到底是由哪一类原因所引起的。但是现在有很好的产前筛查，一般经过产前诊断处理以后，可尽量避免有出生缺陷的孩子出生。