尖锐湿疣患者的治疗主要依据疣体数目的多少、大小、分布的范围，来选择激光治疗、冷冻治疗或光动力治疗，再配合外用的抗病毒药物或者外洗的抗病毒的中药制剂。目前可供选择的外用抗病毒药物包括咪喹莫特、鬼臼毒素、干扰素凝胶。在治疗尖锐湿疣前，最好先排除患者是否同时患有其他性病，例如艾滋病、梅毒、淋病、非淋菌性尿道炎、非淋菌性阴道炎，这些合并的疾病如果同时得到治疗，尖锐湿疣会迅速好转。尖锐湿疣大致的治疗时间为半年到一年。通过规范的治疗，尖锐湿疣的患者疣体可全部消失，皮肤恢复如常，几乎没有任何损伤。