高功能孤独症与低功能孤独症很难鉴别。高功能孤独症有孤独症的病理特点，相对于低功能孤独症，能较好地适应外界环境，但是患者的语言表达及沟通能力匮乏与低下。如有些孩子能满足家长的某些需求，可以说话，做简单沟通，甚至会背着书包上学，但是孩子的成绩与正常孩子不能相比。也有一种假象，有些孩子有对立违抗的现象，与亲人及老师的对立，不愿沟通、刻意不说话，这是对立违抗的结果，不是高功能自闭的结果。对于这类现象应到专业机构做仔细甄别，是患者违拗、不说话，还是患者说话及语言表达能力差，究竟是脑受损问题还是其他问题。很难甄别高功能孤独症和低功能孤独症，很多情况需要依靠经验鉴别。