初次使用者可出现头晕、恶心、呕吐，严重者出现冷汗、血压下降、心慌等。特殊体质者可出现过敏，与生物相容性有关。血液灌流的副作用与其特点有关，目前采用的血液灌流多半通过树脂吸附实现功能，除吸附毒素之外，对血小板也有一定的吸附作用，因此可对患者血小板造成一定影响。另外，血液灌流需要大剂量的抗凝药物，患者凝血功能在短期之内有所改变。建议血液灌流前后注意评估患者凝血功能、血小板数目，排除出血的可能性。