复杂性肛瘘的治疗，在有条件的情况下，建议尽早手术治疗。但手术又涉及到对专科医生技术的考验，无论是复杂还是高位肛瘘的手术，首先强调保护肛门功能。国外学者甚至提出太高位的肛瘘，如果医生没有绝对的把握彻底根治，会建议患者带瘘生存。因为这是良性疾病，治病的前提要保护的肛门功能，这是保证生活质量的最基本要求。所以在肛肠专科手术治疗时，如高位肛瘘要用中医挂线，有上千年历史，是中医特色技术。肛瘘挂线术既可以切除肛瘘，又能达到保护肛门的效果。