抗幽门螺杆菌的药物，可能存在副作用，需要根据药物分别讨论，具体如下：1、阿莫西林：这类药物主要是过敏反应，需要进行皮试，如果确定有过敏，不能应用；2、喹诺酮类：可能导致胃肠道的反应，并且主要可能引起骨骺的过早闭合，所以＜14岁的儿童不能选用；3、克拉霉素：这类药物的不良反应主要是过苦，患者服用以后可能长时间存在苦味。另外老年人不建议应用，可能存在心脑血管的潜在风险；4、呋喃唑酮：主要是胃肠道反应，可能导致腹痛，甚至腹泻等；5、铋剂：可能导致舌头、大便变黑，有时出现便秘，通常停药后数天即可恢复；6、质子泵抑制剂：短期内应用的副作用不大，也可能出现胃肠道的反应。长期应用可能影响营养素的吸收，可能导致骨质疏松、容易骨折，以及胃内息肉生成、胃黏膜萎缩等。另外研究发现，还可能增加食管癌和结肠癌的发病风险。