骨肿瘤在临床诊断上，最重要是区分其良恶性情况。根据良恶性的不同，患者治疗方案的制定、预后是完全不一样的。影像学可区分大部分肿瘤的良恶性。其中，由于良性骨肿瘤的病程较长，且患者临床症状较轻。另外，在影像学上往往可观察到瘤体、骨质破坏部位、周围骨膜反应较规则，且边界较清楚，周围无明显的软组织肿块。而对于恶性骨肿瘤，它的骨质破坏比较明显，对周围骨髓的侵犯更加严重，其边界也往往不清楚，甚至会突破骨基质向周围侵犯，骨质的周围也可产生广泛性的、不规则的骨膜反应或明显的软组织肿块。由于恶性骨肿瘤周围组织的侵犯程度较严重，其在临床上的症状也较重，且进展较快。因此它和良性骨肿瘤还是存在明显的差别。大部分的骨肿瘤都可通过影像学的检查手段区分良恶性，但骨肿瘤非常复杂，最终的诊断还需依靠影像学、临床和病理检查综合判断骨肿瘤的结果。